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熒光定量PCR的標(biāo)準(zhǔn)流程是怎樣的?
點(diǎn)擊次數(shù):199 更新時(shí)間:2025-08-31
熒光定量PCR(Real-TimeQuantitativePCR,qPCR)是一種在PCR反應(yīng)過程中實(shí)時(shí)監(jiān)測熒光信號強(qiáng)度,從而實(shí)現(xiàn)對模板核酸(DNA或RNA)進(jìn)行定量分析的技術(shù)。其標(biāo)準(zhǔn)流程可分為實(shí)驗(yàn)前準(zhǔn)備、樣本處理、逆轉(zhuǎn)錄(僅RNA模板)、qPCR反應(yīng)體系配制、上機(jī)擴(kuò)增與數(shù)據(jù)分析、實(shí)驗(yàn)后處理六個(gè)核心步驟,每個(gè)環(huán)節(jié)均需嚴(yán)格控制以保證結(jié)果的準(zhǔn)確性和重復(fù)性。
一、實(shí)驗(yàn)前準(zhǔn)備:環(huán)境與試劑質(zhì)控
熒光定量PCR對污染和試劑純度極其敏感,此階段的核心是避免交叉污染、確保試劑有效性。
實(shí)驗(yàn)環(huán)境準(zhǔn)備
劃分獨(dú)立操作區(qū)域:嚴(yán)格區(qū)分“樣本處理區(qū)”“試劑配制區(qū)”“PCR擴(kuò)增區(qū)”,避免氣溶膠污染(如擴(kuò)增后的產(chǎn)物擴(kuò)散到前序步驟)。各區(qū)需配備專用移液器、耗材(吸頭、離心管),并定期用紫外線(UV)或核酸清除劑消毒臺面和儀器。
儀器檢查:提前調(diào)試熒光定量PCR儀,確認(rèn)溫度準(zhǔn)確性(如梯度驗(yàn)證)、熒光通道靈敏度(用標(biāo)準(zhǔn)品測試信號強(qiáng)度),確保儀器運(yùn)行穩(wěn)定。
試劑與耗材準(zhǔn)備
試劑選擇與儲存:根據(jù)實(shí)驗(yàn)?zāi)康模ㄈ鏒NA定量、RNA定量、基因表達(dá)分析)選擇合適的qPCR試劑盒(含DNA聚合酶、dNTPs、緩沖液、熒光探針/染料),以及逆轉(zhuǎn)錄酶(僅RNA實(shí)驗(yàn))、引物、探針、RNase抑制劑等。所有試劑需按說明書儲存(如-20℃冷凍保存,避免反復(fù)凍融,建議分裝成小份使用)。
耗材質(zhì)控:使用無RNase、無DNase的無菌吸頭和離心管,避免核酸酶降解模板;吸頭需帶濾芯(防止移液器內(nèi)氣溶膠污染)。
二、樣本處理:模板核酸提取與純化
模板的純度和完整性直接影響qPCR結(jié)果,此階段需高效提取核酸并去除雜質(zhì)。
樣本類型與預(yù)處理
常見樣本包括組織、細(xì)胞、血液、唾液、體液等。根據(jù)樣本類型進(jìn)行預(yù)處理:如組織需研磨勻漿、細(xì)胞需胰酶消化收集、血液需離心分離血清/血漿或白細(xì)胞。
預(yù)處理過程中,RNA樣本需全程加入RNase抑制劑,避免RNA降解;樣本需新鮮處理,若無法立即提取,需按要求保存(如組織樣本-80℃冷凍,RNA樣本溶于RNase-free水或TE緩沖液)。
核酸提取
采用商業(yè)化提取試劑盒(如柱提法、磁珠法)或經(jīng)典方法(如酚氯仿法)提取DNA或RNA。核心步驟包括:裂解細(xì)胞釋放核酸→結(jié)合到吸附柱/磁珠上→洗滌去除蛋白質(zhì)、鹽類、有機(jī)溶劑等雜質(zhì)→洗脫得到純凈核酸。
提取后需檢測核酸質(zhì)量:用紫外分光光度計(jì)測OD值(DNA的OD260/280比值應(yīng)在1.8~2.0,RNA應(yīng)在1.9~2.1,比值異常提示蛋白或雜質(zhì)污染);用瓊脂糖凝膠電泳檢測核酸完整性(如RNA需觀察28S和18SrRNA條帶,確保無降解)。
三、逆轉(zhuǎn)錄(RT步驟):RNA→cDNA(僅RNA模板適用)
若檢測對象為RNA(如基因表達(dá)量分析、病毒RNA定量),需先將RNA逆轉(zhuǎn)錄為穩(wěn)定的cDNA,再進(jìn)行qPCR擴(kuò)增。
逆轉(zhuǎn)錄反應(yīng)體系配制
在無RNase的離心管中,按比例加入以下成分:RNase-free水、RNA模板、Oligo(dT)引物/隨機(jī)引物、dNTPs、RNase抑制劑、逆轉(zhuǎn)錄酶、逆轉(zhuǎn)錄緩沖液。體系需在冰上配制,避免酶活性提前激活。
引物選擇:Oligo(dT)結(jié)合mRNA的poly(A)尾,適用于完整mRNA逆轉(zhuǎn)錄;隨機(jī)引物可結(jié)合RNA任意區(qū)域,適用于降解RNA或非編碼RNA逆轉(zhuǎn)錄。
逆轉(zhuǎn)錄反應(yīng)程序
按逆轉(zhuǎn)錄酶說明書設(shè)置PCR儀程序,典型程序?yàn)椋?/div>
引物退火:25~37℃孵育10~15分鐘(讓引物與RNA結(jié)合);
逆轉(zhuǎn)錄延伸:42~50℃孵育30~60分鐘(逆轉(zhuǎn)錄酶合成cDNA);
酶滅活:70~85℃孵育5~10分鐘(終止反應(yīng)并滅活逆轉(zhuǎn)錄酶)。
反應(yīng)結(jié)束后,cDNA可立即用于qPCR,或-20℃冷凍保存(短期)、-80℃長期保存。
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